Цифровая платформа HALO AP
Indica Labs, Inc.
HALO – это мощная и удобная цифровая платформа для количественного анализа гистологических препаратов.
Для работы с HALO Вы можете использовать как обычные изображения, так и цифровые препараты от всех популярных микроскопов (Aperio, 3DHistech, Leica и др.), автоматически добавляя их в базу данных HALO сразу после сканирования.
Базовые возможности:
Просмотр препаратов, добавление комментариев, изменение разрешения изображений, архивация, объединение препаратов в группу для исследования, для флуоресценции – объединение изображений и отдельных каналов в одно многослойное изображение, счётчик для ручного подсчёта количества объектов.
Одновременно с выбором отдельных участков на препарате, аннотаций, автоматически происходят их простейшие измерения (длина, площадь).
Аннотации могут быть включены в последующий анализ изображения.
Следует отметить исключительное удобство работы с аннотациями в HALO: инструменты для выделения участков интуитивно понятны, доступна панель для управления всеми аннотациями, возможность организации слоёв.
Характеристики
Для углублённого анализа препаратов доступны многочисленные модули:
AREA QUANTIFICATION и AREA QUANTIFICATION FL – тонко настраиваемые модули для препаратов проходящего света и флюоресценции, способные определять фенотипы клеток по окраскам.
AXON MODULE – для измерения нейронов.
BRANCH и BRANCH FL – модули для проходящего света и флюоресценции, используются для измерения ветвящихся структур.
COLOR DECONVOLUTION – модуль для превращения хромогенного изображения в псевдофлуоресцентное.
CYTONUCLEAR и CYTONUCLEAR FL – модули для проходящего света и флюоресценции, используются для оценки ядерного и цитоплазматического окрашивания.
FISH – для работы с флуоресцентной гибридизацией in situ.
ISH – для работы с гибридизацией in situ.
HER2 – для работы с анализом HER2.
HIGHPLEX FL –для флюоресценции, тонко настраиваемый алгоритм для оценки нескольких типов окраски.
IMMUNE CELL MODULE – модуль для оценки иммунных клеток.
ISLET и ISLET FL – модули для проходящего света и флюоресценции, используются для оценки окрашивания эндокринных клеток.
MEMBRANE и MEMBRANE FL – для проходящего света и флюоресценции, оценка мембранной экспрессии.
MICROGLIAL ACTIVATION MODULE – оценка микроглиоцитов.
MULTIPLEX IHC – модуль для работы с различными ИГХ-окрасками. Возможно подключение нейросети!
MUSCLE FIBER и MUSCLE FIBER FL – для проходящего света и флюоресценции, оценка мышечных волокон.
OBJECT COLOCALIZATION и OBJECT COLOCALIZATION FL – для проходящего света и флюоресценции, модули для оценки пространственного перекрытия между двумя разными метками.
SERIAL SECTION & STAIN WORKFLOW – оценка серийных срезов и серийных окрасок.
SPATIAL ANALYSIS – пространственный анализ.
TISSUE CLASSIFIER – модуль для определения типов тканей.
TMA – создание тканевых матриц с помощью цифровых препаратов.
VACUOLE MODULE – оценка цитоплазматических вакуолей.
Форматы файлов для работы с HALO AP:
Non-proprietary (JPG, TIF, OME.TIFF)
Nikon (ND2)
3D Histech (MRXS)
Perkin Elmer (QPTIFF, component TIFF)
Olympus (VSI)
Hamamatsu (NDPI, NDPIS)
Aperio (SVS, AFI)
Zeiss (CZI)
Leica (SCN, LIF)
Ventana (BIF)
Philips (iSyntax)
KFBIO (KFB)